Malinowski grał w Ruchu w latach 2002-04 oraz przez ostatnie pięć sezonów, zdobywając wicemistrzostwo Polski i dwukrotnie brązowy medal. Występował też w przeszłości w Odrze Wodzisław. Łącznie w tych dwóch drużynach rozegrał 458 spotkań w Ekstraklasie. Jeszcze w trakcie minionych rozgrywek na pozostanie w chorzowskim klubie zdecydował się słowacki bramkarz Matusz Putnocky, który przedłużył kontrakt do końca czerwca 2017.