Małkowski, który często trapiony był przez kontuzje, trafił do Lechii w 2008 roku i w barwach gdańskiego zespołu rozegrał w ekstraklasie 36 meczów, z czego dziewięć w rundzie jesiennej obecnego sezonu. W przerwie zimowej przegrał jednak rywalizację z Bartoszem Kanieckim oraz Mateuszem Bąkiem i trener Michał Probierz odesłał go do trzecioligowych rezerw. W trakcie rundy rewanżowej z Lechią pożegnał się również Mateusz Machaj. Ten 24-letni ofensywny pomocnik przeszedł do Śląska Wrocław.