Po przejściu w 2012 roku do TSV 1860 Monachium Wojtkowiak był przez dwa lata podstawowym defensorem zespołu z Bawarii, ale w ostatnim sezonie sporadycznie występował w meczach 2. Bundesligi. Były zawodnik Lecha Poznań miał umowę z "Lwami" do 30 czerwca 2015 roku, ale zdecydował się ją rozwiązać. Ten fakt wykorzystał trener biało-zielonych Jerzy Brzęczek, który szukał uniwersalnego obrońcy. Wojtkowiak przeszedł w piątek w Gdańsku testy medyczne, po których podpisał kontrakt. W sobotę nowy piłkarz biało-zielonych powinien dołączyć do zespołu, który przebywa na zgrupowaniu w Turcji. 23-krotny reprezentant Polski jest trzecim zawodnikiem pozyskanym przez gdański klub w przerwie zimowej. Wcześniej gdański zespół pozyskał Jakuba Wawrzyniaka (umowa do 30 czerwca 2017 roku) i Litwina Donatasa Kazlauskasa (do 30 czerwca 2018).