Kiedy Grzegorz Wojtkowiak debiutował w barwach poznańskiego Lecha, właśnie zmieniał on właściciela. Nowym zostawał holding Amica i rodzina Rutkowskich, a dotychczasowy zawodnik wronieckiej Amiki zasilił szeregi nowej drużyny, którą wtedy prowadził Franciszek Smuda. Z Kolejorzem obrońcy udało się zdobyć mistrzostwo w 2010 roku i Puchar Polski w 2009 roku. Wystąpił także w pamiętnych pojedynkach poznaniaków z Juventusem Turyn. Potem odszedł do TSV 1860 Monachium, a zatem tego klubu, z którego po latach Lecha wzmocnił Christian Gytkjaer.Grzegorz Wojtkowiak, zwany powszechnie "Dyziem", do Kolejorza wracał przez Lechię Gdańsk, której barwy reprezentował po powrocie z Niemiec. W 2019 roku został jednak piłkarzem rezerw Lecha w drugiej lidze. Przez ostatnie dwa sezony Grzegorz Wojtkowiak był grającą opoką Lecha II Poznań, miał pod swymi skrzydłami młodych graczy Akademii, <a href="https://sport.interia.pl/klub-lech-poznan/news-lech-poznan-utrzymal-sie-w-drugiej-lidze-nie-ogladal-sie-na-,nId,5292680">no i pomógł rezerwom utrzymać się ponownie w drugiej lidze.</a> Teraz kończy swoją długą karierę, ale w klubie zostaje. Będzie trenerem w Akademii Lecha.