Za datę powstania obecnej Jagiellonii przyjmuje się maj 1920 roku. Wówczas żołnierze stacjonującego w Białymstoku Batalionu Zapasowego 42. Pułku Piechoty powołali do życia koło sportowe - sekcję piłki nożnej. Pierwszy mecz rozegrano 30 maja 1920 roku, w którym ten zespół wygrał z Kresowcami 5-1. Na sportowej mapie regionu, jako klub pod tą nazwą, Jagiellonia pojawiła się 27 stycznia 1932 roku wskutek połączenia Wojskowego Klubu Sportowego 42. Pułku Piechoty (piłka nożna, lekkoatletyka) oraz istniejącego od 1927 r. Klubu Sportowego Związku Młodzieży Wiejskiej, gdzie działała sekcja lekkoatletyczna.Obchody stulecia organizowane przez klub trwają cały rok. Do tej pory m.in. odbyło się referendum w sprawie wyglądu herbu Jagiellonii, a na stadionie miejskim otwarta została tzw. galeria sław klubu, w internecie trwa wybór kibicowskiej "jedenastki" stulecia. Radni miejscy włączyli się w te obchody nadając nowemu rondu - zlokalizowanemu na wjeździe do Białegostoku od strony Warszawy - imię klubu.Swoje plany, również przy wsparciu klubu i miasta, miały też środowiska kibicowskie Jagiellonii. Do tej pory najbardziej spektakularnym wydarzeniem zorganizowanym przez kibiców, związanym ze stuleciem Jagiellonii, była akcja z 13 stycznia pod hasłem "setki rac na stulecie", gdy rozświetliło się nimi centrum miasta. Jednak główne wydarzenia planowane były na połowę lipca, czyli początek nowego sezonu Ekstraklasy.