Rozgrywki zostaną przeprowadzone systemem pucharowym. W pierwszej i drugiej rundzie drużyny rozegrają tylko jeden mecz. Zwycięzca awansuje do kolejnej rundy, a przegrany żegna się z rozgrywkami. Drużyny, które grały w poprzedniej edycji Pucharu Polski w meczu finałowym, w pierwszej rundzie będą miały wolny los. W rozgrywkach uczestniczą wszystkie drużyny PLH i cztery najlepsze drużyny I ligi (decyduje miejsce zajęte po zakończeniu sezonu regularnego 2008/09). Zespoły, które awansują do półfinałów, otrzymają nagrody finansowe, a triumfator także puchar. Pary 1. rundy Pucharu Polski: Polonia Bytom - Cracovia, MMKS Nowy Targ - Podhale Nowy Targ, Unia Oświęcim - JKH GKS Jastrzębie, KTH Krynica - Zagłębie Sosnowiec, GKS Katowice - Naprzód Janów, KH Sanok - TKH Toruń; wolny los: GKS Tychy, Stoczniowiec Gdańsk.