Lindner był jednym z najbardziej znanych trenerów kolarskich świata, a jego zawodnicy odnosili liczne sukcesy, notując ponad 1000 zwycięstw, w tym trzykrotnie w igrzyskach olimpijskich. W 2003 r. był dyrektorem sportowym grupy kolarskiej Bianchi, której kapitanem był Jan Ullrich, drugi - za Amerykaninem Lancem Armstrongiem - w Tour de France 2003. W ciągu 20 lat pracy jako trener reprezentacji NRD (1970-1990) Lindner doprowadził do tytułów mistrzów świata amatorów takich kolarzy, jak Bernd Drogan (1982), Uwe Raab (1983) i Uwe Ampler (1986), a Olafa Ludwiga do zwycięstwa w szosowym wyścigu ze wspólnego startu podczas igrzysk w Seulu, w 1988 r. Poza tym kolarze NRD wygrali w Seulu szosowy wyścig drużynowy. Jego kolarze wygrywali też konkurencję drużynową podczas mistrzostw świata, a także triumfowali wielokrotnie, indywidualnie i drużynowo, w Wyścigu Pokoju. Po zjednoczeniu Niemiec Lindner pracował nadal jako trener kolarstwa. W 1992 r. został szkoleniowcem reprezentacji Szwajcarii, a jego podopieczny Alex Zuelle zdobył później tytuł mistrza świata w jeździe indywidualnej na czas. Od 2000 do 2002 r. Lindner był dyrektorem sportowym grupy Bianchi, której liderem był Jan Ullrich. W latach 2007-2008 pracował w Iranie jako trener kadry i przygotowywał ją do igrzysk olimpijskich w Pekinie.