Puerta zmarł 28 sierpnia 2007 r. w szpitalu po tym, jak dzień wcześniej przeszedł w trakcie meczu Sevilla - Getafe atak serca. Piłkarz po reanimacji na boisku odzyskał przytomność, lecz w po chwili ponownie zemdlał. Następnego dnia zmarł nie odzyskawszy przytomności. Kilka miesięcy później przyszedł na świat jego syn, Aitor Antonio Puerta Roldan. Aby uczcić pamięć piłkarza, Sevilla chciała na zawsze zastrzec numer 16, aby przez 18 lat nie występował z nim żaden inny gracz tego klubu. Jednak LFP, prowadząca rozgrywki ligowe w Hiszpanii, wymogła na Sevilli, aby zgłosiła pełną listę piłkarzy z numerami. Numer po tragicznie zmarłym Puercie przypadł więc 25-letniemu środkowemu obrońcy, Davidowi Prieto. "Będę nosił go z dumą" - zapewnił zawodnik.