W Pekinie Holendrowi nie udało się wygrać tego dystansu na trzecich z rzędu igrzyskach, bowiem wcześniej zdobył złote medale w Sydney (2000) i Atenach (2004). W stolicy Chin był dopiero piąty w finale, a zaraz po tym na konferencji prasowej ogłosił, że był to jego ostatni start w karierze. Osiem lat temu w Sydney van den Hoogenband ustanowił rekord świata - 47,84, który przetrwał blisko osiem lat, a poprawił go dopiero w tym sezonie Francuz Alain Bernard, w marcu na mistrzostwach Europy w Eindhoven. W Sydney Holender zwyciężył także na 200 m st. dowolnym, a w dorobku ma także dwa srebrne i dwa brązowe medale olimpijskie. W 2005 roku opuścił w wyniku operacji przepukliny mistrzostwa świata, a w tym roku z powodu grypy nie wystąpił w marcowych ME w Eindhoven.