Cztery miesiące po oficjalnym przedstawieniu trasy tegorocznego wyścigu, organizatorzy zmienili 10. etap z Cuneo do Pinerolo. Zrezygnowano z odcinka, który prowadził przez terytorium Francji. Łączna długość trasy, podzielonej na 21 etapów, to 3454 km. Trasa Giro d'Italia 2009: 9 maja, 1 etap: Wenecja Lido (drużynowo na czas, 20,5 km) 10 maja, 2 etap: Jesolo - Triest (156 km) 11 maja, 3 etap: Grado - Valdobbiadene (198 km) 12 maja, 4 etap: Padwa - San Martino di Castrozza (162 km) 13 maja, 5 etap: San Martino di Castrozza - Alpe di Siusi (125 km) 14 maja, 6 etap: Bressanone - Brixen Mayrhofen (Austria) (248 km) 15 maja, 7 etap: Innsbruck (Autria) - Chiavenna (244 km) 16 maja, 8 etap: Morbegno - Bergamo (209 km) 17 maja, 9 etap: Mediolan - Mediolan (163 km) 18 maja, dzień odpoczynku 19 maja, 10 etap: Cuneo - Pinerolo (262 km) 20 maja, 11 etap: Turyn - Arenzano (214 km) 21 maja, 12 etap: Sestri Levante - Riomaggiore (indywidualnie na czas, 61 km) 22 maja, 13 etap: Lido di Camajaore - Florencja (176 km) 23 maja, 14 etap: Campi Bisenzio - Bolonia-San Luca (172 km) 24 maja, 15 etap: Forli - Faenza (161 km) 25 maja, 16 etap: Pergola - Monte Petrano-Cagli (237 km) 26 maja, dzień odpoczynku 27 maja, 17 etap: Chieti - Blockhaus (83 km) 28 maja, 18 etap: Sulmona - Benevento (182 km) 29 maja, 19 etap: Avellino - Wezuwiusz (164 km) 30 maja, 20 etap: Neapol - Anagni (203 km) 31 maja, 21 etap: Rzym - Rzym (indywidualnie na czas, 15 km)