Z reprezentacją kraju zdobył srebrny medal mistrzostw Europy w 2000 roku i sześć lat później złoty w mistrzostwach świata. Inzaghi od 4 grudnia 2007 roku jest rekordzistą pod względem liczby strzelonych bramek w europejskich pucharach. Zdobywając bramkę w meczu przeciwko Celticowi Glasgow zaliczył 63. trafienie i wyprzedził w tej klasyfikacji Niemca Gerda Muellera. W tym samym roku sięgnął z Milanem po Puchar Europy.