Botero, który zawodową karierę rozpoczynał w Kelme Costa Blanka w 1996 roku uznawany był za specjalistę od jazdy w górach. To właśnie z tym zespołem święcił największe sukcesy. W 2002 roku zdobył tytułu mistrza świata w jeździe indywidualnej na czas w belgijskiej miejscowości Zolder. Trzy lata później okazał się bezkonkurencyjny w Tour de Romandie, a w 2007 roku w Dookoła Kolumbii. W dorobku kolumbijskiego kolarza są też etapowe zwycięstwa w Tour de France i Vuelta a Espana.