Holender w tym sezonie wrócił do gry w Realu Madryt po dziewięciomiesięcznej przerwie spowodowanej kontuzją prawego kolana. "Chciałbym być znowu ważną częścią tej drużyny i wierzę, że stać mnie na to" - skomentował swój powrót do składu "Królewskich", choć na inaugurację Primera Division nie zagrał. van Nisterlooy zrezygnował z gry w reprezentacji po Euro-2008, tłumacząc to chęcią skupienia się na karierze klubowej. W barwach narodowych rozegrał 64 mecze i zdobył 33 bramki.