Ze względu na problemy zdrowotne Puyol nie mógł grać łącznie przez trzy miesiące. Nie wystąpił m.in. w obu ćwierćfinałach Ligi Mistrzów, a w finale, z Manchesterem United, wbiegł na boisko na ostatnie trzy minuty. - To była przewlekła kontuzja. Piłkarz postanowił zaczekać z zabiegiem do zakończenia rozgrywek i uważam, że była to słuszna decyzja - powiedział doktor Ricard Pruna. W tym sezonie Barcelona sięgnęła po Puchar Europy i wywalczyła mistrzostwo kraju. Puyol to także filar obrony reprezentacji Hiszpanii. Z drużyną narodową zdobył mistrzostwo Europy w 2008 i świata w 2010 roku.