Zawodnik w Dynamie występował od trzech sezonów. Zagrał w 46 ligowych spotkaniach klubu ze stolicy Rosji. Na początku stycznia przedłużył swoją umowę z rosyjskim zespołem o 2,5 roku, ale przegrywał rywalizację o miejsce w składzie i zdecydował się na transfer do Metalurga. Po dziewiętnastu kolejkach nowa drużyna polskiego obrońcy zajmuje 10. miejsce w ukraińskiej ekstraklasie. Marcin Kowalczyk gra na pozycji prawego obrońcy. Karierę rozpoczynał w ŁKS-ie Łódź, skąd trafił do SMS Łódź. Następnie grał w Stali Głowno, z której w roku 2006 przeniósł się do GKS-u Bełchatów. Z drużyną prowadzoną przez Oresta Lenczyka zdobył wicemistrzostwo Polski, a po sezonie 2007/8 przeszedł do Dynama Moskwa. Kowalczyk zagrał do tej pory w 7 meczach reprezentacji Polski, w których nie zdobył ani jednej bramki.