Następnie przez rok był odpowiedzialny za tzw. reprezentację B. Lagerbäck pomagał także trenerom narodowej drużyny seniorskiej, która zresztą w 1994 roku wywalczyła na muniadlu trzecie miejsce. Po 9 letniej pracy na stanowisku asystenta reprezentacji, został w końcu razem w ducie z Tommym Soderbergiem pierwszym trenerem kadry. Obaj panowie wspólnie prowadzili reprezentację w Euro 2000, oraz dwa lata później na mundialu w Korei Płd. i Japonii. Na obu turniejach Szwecja nie osiągnęła jednak żadnego znaczącego sukcesu. Podczas Mistrzostw Europy w 2004 roku w Portugalii podopieczni Larsa Lagerbacka i Tommego Soderberga dotarli do ćwierćfinału, przegrywając po rzutach karnych z reprezentacją Holandii. Po tym turnieju z prowadzenia kadry zrezygnował Soderberg, i tym samym Lars Lagerback został samodzielnym szkoleniowcem reprezentacji Szwecji. Kolejnym sprawdzianem umiejętności trenerskich Lagerbcka były Mistrzostwa Świata w Niemczech w 2006 roku. Szwedzi wyszli z grupy z drugiego miejsca, ale w 1/8 finału musieli uznać wyższość gospodarzy turnieju, przegrywając z nimi 2:0.