Sędzia piłkarski od 1989 roku. W Bundeslidze debiutował w 1096 roku. Od 1998 roku sędzia FIFA. Sędziował między innymi: Igrzyska Olimpijskie w 2000 roku w Sydney, Puchar Konfederacji w 2005 roku w Niemczech, Finał Pucharu UEFA w roku 2006 Sevilla FC - Middelsbrought FC, Finał Ligi Mistrzów w 2007 roku Milan - Liverpool. W czerwcu Fandel był głównym sędzią meczu eliminacyjnego między Danią i Szwecją w Kopenhadze. W 89. minucie gry, przy stanie 3:3 podyktował rzut karny dla Szwecji i wyrzucił z boiska duńskiego pomocnika Christiana Poulsena (uderzył rywala). Po chwili na boisko wtargnął kibic reprezentacji Danii i zaatakował Fandela. Po tym wydarzeniu sędzia przerwał mecz. Po meczy 1/8 finału Ligi Mistrzów między AS Roma - Real Madryt, trener madryckiego zespołu Bernd Schuster skrytykował swojego rodaka, niemieckiego sędziego Herberta Fandela. "Ten sędzia nie zasłużył na to, by być moim rodakiem" - wypalił Schuster. "Fandel był gospodarski. Przy naszych faulach karał zawodników żółtymi kartkami, zaś kiedy to czynili gospodarze, dawał przyzwolenie. W ogóle mi się nie podobał. Gwizdał źle, zresztą to samo czynił w Bundeslidze" - dodał szkoleniowiec "Królewskich". Fandel sędziował mecz eliminacyjny do Euro 2008 Finlandia - Polska.