W marcu 2009 roku Moya doznał poważnej kontuzji - pęknięcia kości biodrowej i przez prawie pół roku nie grał w turniejach. Wtedy zdecydował się przerwać karierę na "czas nieokreślony". W sierpniu 2009 roku w ostatniej chwili zrezygnował ze startu w wielkoszlemowym turnieju US Open (z pulą nagród 21,6 mln dol.). Powodem absencji była kontuzja stopy z początku sezonu, która się odnowiła. Na początku tego roku Hiszpan wrócił na kort, ale kontuzje nie pozwoliły mu na uzyskiwanie dobrych wyników. W lutym przegrał w 1. rundzie turnieju ATP Tour na kortach ziemnych w Acapulco (pula nagród 1 mln dol.) z Francuzem Richardem Gasquetem 6:4, 3:6, 2:6, sukcesów także nie miał w kilku kolejnych turniejach ATP. Na początku listopada przeszedł ponownie szczegółowe badania, które wykazały, że kontuzja nie została całkowicie wyleczona i lekarze nie zgodzili się na wznowienie treningów. W trwającej 15 lat karierze Moya zarobił na kortach około 14 mln dolarów.