Do tej pory Ivan Basso stanowczo zaprzeczał, że cokolwiek wspólnego z aferą Puerto i jakimkolwiek dopingiem. Afera Puerto (nazwa od kryptonimu akcji policji) wybuchła 23 maja ubiegłego roku. Policja hiszpańska zatrzymała w Madrycie i Saragossie pięć osób, w tym doktora Fuentesa. Akcja policji rozbiła system dopingu krwi, z którego korzystali znani sportowcy - według Fuentesa nie tylko kolarze, ale np. piłkarze Barcelony i Realu Madryt. W jego gabinecie policja zarekwirowała aparaturę do nasycania krwi tlenem, wiele pojemników z krwią i notatki z zaszyfrowanymi nazwiskami klientów. Według mediów w aferę było zamieszanych aż 58 kolarzy z czołowych ekip zawodowych.